環(huán)保部門在核發(fā)許可證之前應(yīng)結(jié)合管理要求和政府部門掌握的情況，對申請材料進(jìn)行認(rèn)真審核。審核主要包括以下幾個方面：一是申請排污許可證的企事業(yè)單位的生產(chǎn)工藝和產(chǎn)品不屬于國家或地方政府明確規(guī)定予以淘汰或取締的；二是申請的企業(yè)不應(yīng)位于飲用水水源保護(hù)區(qū)等法律法規(guī)明確規(guī)定禁止建設(shè)區(qū)域內(nèi)；三是有符合國家或地方要求的污染防治設(shè)施或污染物處理能力；四是申請的排放濃度符合國家或地方規(guī)定的相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)和要求，排放量符合相關(guān)要求，對新改擴(kuò)建項目的排污單位，還應(yīng)滿足環(huán)境影響評價文件及其批復(fù)的相關(guān)要求；五是排污口設(shè)置符合國家或地方的要求等。

企業(yè)提交的排污許可申請材料和守法承諾書是環(huán)保部門核發(fā)排污許可證的主要依據(jù)，《實施方案》明確提出企業(yè)應(yīng)對申請材料的真實性、合法性、完整性負(fù)法律責(zé)任。環(huán)保部門對于申請材料完整、符合要求的企業(yè)，直接依法核發(fā)許可證。此外，核發(fā)的排污許可證是企業(yè)排放污染物的“天花板”，是企業(yè)守法的最基本要求，滿足這些要求是企業(yè)基本的法定義務(wù)，這也是排污許可證作為企業(yè)守法、政府執(zhí)法、公眾監(jiān)督依據(jù)的由來。換言之，對于應(yīng)當(dāng)承擔(dān)的環(huán)保責(zé)任完全相同的兩個企業(yè)，不論實際排放情況如何，排污許可證核定的排放量和管理要求將會是一致的。《方案》同時還規(guī)定了，對于申請材料存在疑問、企業(yè)環(huán)境信用不好、有環(huán)境舉報投訴等情況的，環(huán)保部門可開展現(xiàn)場核查。